La represión y castigo a los «agermanats» por parte de la reina Germana de Foix, viuda de Fernando el Católico y nombrada virreina de Valencia por su hijastro Carlos I, fue muy cruenta, fueron muchos los que murieron en la horca y se alargó durante bastantes años, en 1542 no habían acabado las confiscaciones de los bienes a los «agermanats».
La crisis de la Germanía provocó el éxodo rural de la nobleza valenciana a la capital del Reino en torno a la corte virreinal. Esta corte renacentista era alegre y cultivada, de etiqueta y cortesía, con aventuras galantes y duelos, placeres discretos y fiestas artísticas. Con la subida al trono de Felipe II, las antiguas ciudades-estado eran sustituidas por el gran estado territorial. La aristocracia valenciana no quería someterse todavía a las leyes civiles y mantenían su costumbre de dirimir sus disputas con peleas sangrientas entre bandos y a la muerte del Duque de Calabria, tercer esposos de la reina Germana, Valencia se queda definitivamente sin corte.
Los edificios valencianos comienzan a presentar elementos italianos en la decoración pero aún solían presentar estructuras góticas. La abundancia de monumentos daba un gran prestigio a la ciudad, cuya belleza todo el mundo elogiaba. Valencia no fue sometida a ninguna ordenación urbana de conjunto ni al rigor geométrico y conservó su configuración bajo-medieval de ascendencia musulmana.
En 1599 el rey Felipe III celebra en Valencia sus bodas con Margarita de Austria asumiendo la ciudad lo gastos de la boda Real, esto sumado a la falta de trigo y otras carencias produjo la penuria económica del Municipio, provocando el hambre en el pueblo, mientras la aristocracia era cada vez más poderosa. El siglo XVI concluyó con la expulsión de los moriscos decretada por Felipe III, a pesar de que los artesanos y campesinos de esta cultura eran muy útiles y necesarios en el país.